巴拿马运河在其2020财年结束时，尽管受到COVID-19流感大流行的影响，巴拿马运河吨位（PC/UMS）年增长率为4.751亿吨，比2019财年增长了1%。
巴拿马运河在其财政年度结束时（2019年10月至2020年9月），共转运13369次，与预测相比减少2%，而4.751亿吨PC/UMS比预测下降4%。与2019财年相比，高吃水过渡保持在非常相似的水平。
疫情的影响高度在5月至7月之间，巴拿马运河的运输量在这段时间内下降了20%，主要是由于客船、汽车运输船和液化天然气（LNG）油轮的减少。
然而，运输和货物运输在本财政年度最后两个月的8月和9月实现正常化，使该水道以4.751亿吨PC/UMS的速度关闭。
集装箱船仍然是巴拿马运河的主要部分，登记量为1.663亿吨PC/UMS，占巴拿马运河FY20吨位的35%，其次是：散货船：8090万吨；油轮/化学品油轮：6920万吨；LNG：4640万吨；液化石油气：4460万吨。
2020年3月，冠状病毒的影响开始生效，影响到旅客部分，由于实施了提前结束邮轮季节的卫生措施，旅客部分的收市比预期低10%。
受冠状病毒影响严重的其他细分市场是汽车运输公司和液化天然气，其PC/UMS吨位分别比预测值低21%和15%。
