波多黎各主要有3个国际机场，最主要的是圣胡安国际机场，到达波多黎各的方式几乎都是乘机到达路易斯·穆尼奥斯·马林国际机场。
位于圣胡安市的路易斯·穆尼奥斯·马林国际机场（英文名：Luis Munoz Marin International Airport；三字代码：SJU；四字代码：TJSJ）距离市中心5公里，海拔高度为3米（9英尺），机场主要有两条跑道。是美国航空和美国航空的枢杻港。圣胡安机场除了运营国内国际定期航线外，也提供包机服务和货运服务。现今，圣胡安市成为捷蓝航空公司的重点通航城市，机场新建的A号航站楼运营的日常航班达到27个班次，因此，捷蓝航空也成为了波多黎各最大的航空运营商；而美国航空在机场的日常航班达到25个班次，继捷蓝航空之后成为圣胡安机场第二大航空运营商。圣胡安国际机场服务的国内航班主要往返于北卡罗来纳州和波多黎各当地其他城市，使之成为连接美国与波多黎各的最主要的国际门户。
波多黎各空运之广州空运至圣胡安航班信息：
广州（CAN）-台北（TPE）-迈阿密（MIA）-目的机场，头程CI0522(周12456，起飞时间：17:30，到达时间：19:30，机型B777)CI5896(周47，机型B747F),二程周1356，机型B747F货机，三程与M6联运。航班天天，时效5-7天。
波多黎各空运之深圳空运至圣胡安航班信息：
深圳（SZX）-台北（TPE）-迈阿密（MIA）-目的机场，头程CI528(周13457，起飞时间:17：30到达时间:19：15，机型B744,)CI5928(周345，起飞时间:04：00到达时间:05：40,机型B747-400F）,二程周1356，机型B747F货机，三程与M6联运，航班一三四五七，时效5-7天。
深圳（SZX）-辛辛那提（CVG）-迈阿密（MIA)-目的机场,辛辛那提（CVG）卡车中转到迈阿密（MIA)（已含卡车转运费2.6/KG），最低卡车转运费572.头程PO935(起飞时间:01：40，到达时间:06：25,机型B747-D5400F)，后段经迈阿密(MIA)与M6联运。航班二三四五七，7天左右。
深圳（SZX）-仁川（ICN）-目的机场,头程ZH，二程美国达美航空，航班天天。时效7天左右。
波多黎各空运之上海空运至圣胡安航班信息：
美国喷气国际航空公司。从上海出发至迈阿密货机中转，路线：头程CA航空，航班2357，航线：PVG-ORD-MIA-目的地间，卡车中转至迈阿密（MIA）接二程M6航空直飞，航班周二周五，机型B727F。航班二三五七，7天左右。
头程：航班号PO998，起飞时间20：45降落时间19:50，机型B747-200，航班D1234；航班号PO214，起飞时间04：15，降落时间08:50，机型B747-200，航班567，二程接M6航空，航班D123456。航班天天，时效7天左右。
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