为吸引更多船舶通过新巴拿马运河，巴拿马运河管理局修改了船舶收费方案，对集装箱船的运河通行费给予折扣：根据班轮公司或班轮联盟12个月内的集装箱运量进行计算，超过150万TEU运量的，通行费折扣幅度为3美元/TEU;运量为100万～150万TEU的，折扣幅度为2美元/TEU;运量为45 万～100万TEU的，折扣幅度为1美元/TEU。此外，运管局还调低了空箱通行费以缓解班轮公司当前的运营压力。按照新修改的收费方案，20尺标箱空箱折扣将从目前的8美元提高到30～40美元，具体将根据船舶尺寸而定。
对干散货船，将依据船舶标称载重吨和实际载货公吨来计费;对LNG船和LPG船，将依据载货总立方米来计算;对油轮，将依据巴拿马运河通用测量系统(PC/UMS)和载货公吨来计量和计费。
新收费方案鼓励大型船舶通行新船闸以产生规模效应，同时鼓励小型和载重不满的船舶通行现有的船闸。运管局表示，相比现行的计算方法，新收费方案收取的费用更少。例如，一艘最大载重为1万TEU型船，当其实际载重为80%时，需缴纳78万美元通行费，比现行收费方案减少2.4万美元，降幅约3%。
而在之前，巴拿马运河的收费方式是：
如果一条货轮(船舶)通过运河船闸时，一前一后需要用两艘拖轮，使用一艘拖轮是195美元，使用两艘拖轮就是390美元。运河共有3座船闸，一艘通过3个船闸的船就增加拖轮使用服务费1170美元。每条船过河时在岸上还需用4个火车头牵引，每个火车头用一根或两根钢缆牵引过河船只;一根钢缆提价6.5美元，8根就是52美元，通过3个船闸就是156美元。
新巴拿马的通行将引发航运界变革
新巴拿马运河的开通将带来航运界船队构成发生本质性改变
虽然目前大型和超大型集装箱船大量闲置的主要原因是经济疲软，海运贸易极度低迷，运力过剩;但随着新巴拿马运河的开通，大型及超大型集装箱船闲置的状况将得到一定程度的缓解。之前法国达飞轮船不得已停用的18000TEU集装箱船“Benjamin Franklin”，也有望加入到通行于新巴拿马运河的航线之中。
在集装箱船队中，载箱量10000TEU以上的船舶将成为远东至美国东海岸集装箱干线运输的主力，未来的巴拿马型集装箱船很可能呈现出多样化的发展趋势;载货量约12万吨级以上散货船将逐渐取代传统的7.6万吨系列成为新巴拿马型散货船，与此同时，灵便型散货船依然会有所发展;而在国际油船船队中，载重量为11万吨左右级阿芙拉型油船的比例将显著上升。
进一步影响订船市场
新巴拿马运河的开通可能将带动全球新船订造趋势发生以下变化：由于新巴拿马运河通航能力的大幅提高，使船舶大型化趋势进一步加强，使用新能源的大型及超大型巨轮会再次被提出建造并投入市场。传统的巴拿马型船舶这一曾经为国际航运市场的主力船型正在被综合性能更为优越的新型船舶所取代，一些旧的巴拿马型船舶将被迫转入地区性航线、改建或拆解。
有专家预计，新巴拿马运河运营后，将有超过100艘巴拿马型船将被淘汰。目前有171艘巴拿马型船部署在亚洲—北美航线，其中138艘要穿过巴拿马运河，预计新运河开通后，这些船将面临压力，部分老龄船可能会送往拆解。据统计，2016年船龄20年以上的巴拿马型船为62艘。
从各型船舶市场份额来看，大中型散货船、集装箱船和油船订单大约占世界每年新船订单的80%以上，大型船和绿色环保船等具有高附加值的船舶已成未来发展的方向，这一趋势将在新巴拿马运河开通后得到进一步强化。
全球运输航线将重新规划， 港口自动化进程将加速发展
更多的货物将在太平洋和大西洋之间流通，航运成本将大大降低，而全球运输航线将重新规划。
随着运河交通量的上升，转运的数量将有所上升。所谓转运，是指商品从大船转移至小船上，运往浅水港。巴拿马运河的三大港口，Balboa、Colón和 Manzanillo将连接上海等航运中心与Barranquilla等小港口。这将提升巴拿马对区域运输网络的重要性。
更多的船只可能选择从亚洲直接前往美国东岸，而不是在前往美国西岸港口后，再将货物通过铁路运往东岸各地。 对于从事美洲东海岸至亚洲货物运输的船东来说，以前对不能通过巴拿马运河的船舶，均选择从大西洋线路走苏伊士运河或通过绕道好望角行驶，出于安全和费用等因素的考虑，船公司更爱改道好望角，但扩建后的巴拿马运河将为船公司提供更多选择。
