商船三井透露，目前该公司计划增加一个项目运输业务部，以整合旗下集装箱、滚装、港口、物流及轮渡业务。近期商船三井业务重组步伐加快，去年4月份，商船三井成立了干散货和能源业务部门。
在能源运输业务板块，商船三井将设立一独立的燃料业务办公室，其在硫化物的法律法规指导下，根据公司的中长期政策来采购燃料油及润滑油等。这将促使商船三井船舶发动机使用包括LNG在内替代燃料的积极性。与此同时，商船三井将撤销油轮部(Tanker Division)的燃料集团(Bunkering Group)。
商船三井的海工与液化天然气项目部也将更名。此前负责商船三井俄罗斯及中国LNG运输项目部门转移至LNG运输部，而海工部分也将成立海工项目部，继续开展相关业务。
以多元化经营模式为前提，商船三井将在集团业务部新成立新业务创新集团(New Business Creation Group)。而商船三井表示：“这并不是集团传统业务的延伸。”因此，集团业务部将更名为新业务创新与集团业务部。
商船三井还将在企业战略规划部成立业务战略执行办公室，主要利用集成方式的商务智能来进行跨部门、跨领域的推广。与此同时，商船三井还将撤销其研究办公室，并将其业务转移至业务战略执行办公室或其他部门。
