报关工作的全部程序分为申报、查验、放行三个阶段。
（一）进出口货物的申报
进出口货物的收、发货人或者他们的代理人，在货物进出口时，应在海关规定的期限内，按海关规定的格式填写进出口货物报关单，随附有关的货运、商业单据，同时提供批准货物进出口的证件，向海关申报。报关的主要单证有以下几种：
进口货物报关单
一般填写一式二份，报关单填报项目要准确、齐全、字迹清楚，不能用铅笔；报关单内各栏目，凡海关规定有统计代号的，以及税则号列及税率一项，由报关员用红笔填写；每份报关单限填报四项货物；如发现情况有无或其他情况需变更填报内容的，应主动、及时向海关递交更改单。
出口货物报关单
一般填写一式两份，填单要求与进口货物报关单基本相同。如因填报有误或需变更填报内容而未主动、及时更改的，出口报关后发生退关情况，报关单位应在三天内向海关办理更正手续。
随报关单交验的货运、商业单据
任何进出口货物通过海关，都必须在向海关递交以填好的报关单的同时，交验有关的货运和商业单据，接受海关审核诸种单证是否一致，并由海关审核后加盖印章，作为提取或发运货物的凭证。随报关单同时交验的货运和商业单据有：海运进口提货单；海运出口装货单（需报关单位盖章）；陆、空运运单；货物的发票（其份数比报关单少一份，需报关单位盖章等）；货物的装箱单（其份数与发票相等，需报关单位盖章）等。需要说明的是如海关认为必要，报关单位还应交验贸易合同、定货卡片、产地证明等。另外，按规定享受减、免税或免验的货物，应在向海关申请并已办妥手续后，随报关单交验有关证明文件。
进（出）口货物许可证
进出口货物许可证制度，是对进出口贸易进行管理的一种行政保护手段。我国与世界上大多数国家一样，也采用这一制度对进出口货物、物品实行全面管理。必须向海关交验进出口货物许可证的商品并不固定，而是由国家主管部门随时调整公布。凡按国家规定应申领进出口货物许可证的商品，报关时都必须交验由对外贸易管理部门签发的进出口货物许可证，并经海关查验合格无误后始能放行。但对外经济贸易合作部所属的进出口公司、经国务院批准经营进出口业务的个部位所属的工贸公司、个省（直辖市、自治区）所属的进出口公司，在批准的经营范围内进出口商品，视为以取得许可，免领进出口货物许可证，只凭报关单即可向海关申报；只有在经营进出口经营范围以外的商品时才需要交验许可证。
商检证书
海关指示报关单位出具商检证书，一方面是监督法定检验商品是否已经接受法定的商检机构检验；另一方面是取得进出口商品征税、免税、减税的依据。根据《中华人民共和国进出口商品检验法》以及《商检机构实施检验的进出口商品种类表》规定，凡列入《种类表》的法定检验的进出口商品，均应在报关前向商品检验机构报验。报关时，对进口商品，海关凭商检机构签发的检验证书或在进口货物报关单上加盖的印章验收。
除上述单证外，对国家规定的其他进出口管制货物，报关单位也必须向海关提交由国家主管部门签发的特定的进出口货物批准单证，由海关查验合格无误后再予以放行。诸如食品卫生检验，药品检验，动植物检疫，文物出口签定，金银及其制品的管理，珍贵稀有野生动物的管理，进出口射击运动、狩猎用枪支弹药和民用爆破物品的管理，进出口音像制品的管理等均属此列。
（二）进出口货物的查验
进出口货物，除海关总署特准查验的以外，都应接受海关查验。查验的目的是核对报关单证所报内容与实际到货是否相符，有无错报、漏报、瞒报、伪报等情况，审查货物的进出口是否合法。
海关查验货物，应在海关规定的时间和场所进行。如有特殊理由，事先报经海关同意，海关可以派人员在规定的时间和场所以外查询。申请人应提供往返交通工具和住宿并支付费用。
海关查验货物时，要求货物的收、发货人或其代理人必须到场，并按海关的要求负责办理货物的搬移、拆装箱和查验货物的包装等工作。海关认为必要时，可以径行开验、复验或者提取货样、货物保管人应当到场作为见证人。
查验货物时，由于海关关员责任造成被查货物损坏的，海关应按规定赔偿当事人的直接经济损失。赔偿办法：由海关关员如实填写《中华人民共和国海关查验货物，物品损坏报告书》一式两份，查验关员和当事人双方签字，各流一份。双方共同商定货物的受损程度或修理费用（必要时，可凭公证机构出具的鉴定证明确定），以海关审定的完税价格为基数，确定赔偿金额。赔偿金额确定后，由海关填发《中华人民共和国海关损坏货物、物品赔偿通知单》，当事人自收到《通知单》之日起，三个月内凭单向海关领取赔款或将银行帐号通知海关划拨，逾期海关不再赔偿。赔款一律用人民币支付。
（三）进出口货物的放行
海关对进出口货物的报关，经过审核报关单据、查验实际货物，并依法办理了征收货物税费手续或减免税手续后，在有关单据上签盖放行章，货物的所有人或其代理人才能提取或装运货物。此时，海关对进出口货物的监管才算结束。
另外，进出口货物因各种原因需海关特殊处理的，可向海关申请担保放行。海关对担保的范围和方式均有明确的规定。
再详细点说如下：
进口报关的基本程序：接受申报→审核单证→查验货物→办理征税→结关放行。
1.用换来的提货单（1、3）联并附上报关单据前去报关。报关单据：提货单（1、3）联海关放行后，在白联上加盖放行章，发还给进口方作为提货的凭证。正本箱单、正本发票、合同、进口报关单一式两份、正本报关委托协议书、海关监管条件所涉及的各类证件。
注意事项:
（1）接到客户全套单据后，应确认货物的商品编码，然后查阅海关税则，确认进口税率、确认货物需要什么监管条件，如需做各种检验，则应在报关前向有关机构报验。报验所需单据：报验申请单、正本箱单发票、合同、进口报关单两份。
（2）换单时应催促船舶代理部门及时给海关传舱单，如有问题应与海关舱单室取得联系，确认舱单是否转到海关。
（3）当海关要求开箱查验货物时，应提前与场站取得联系，调配机力将所查箱子调至海关指定的场站。（事先应与场站确认好调箱费、掏箱费。）
2.若是法检商品应办理验货手续。
如需商检，则要在报关前，拿进口商检申请单（带公章）和两份报关单办理登记手续，并在报关单上盖商检登记在案章以便通关。验货手续在最终目的地办理。如需动植检，也要在报关前拿箱单发票合同报关单去代报验机构申请报验，在报关单上盖放行以便通关，验货手续可在通关后堆场进行。
报检业务流程大致可分为：报检申请（报检人提供外贸合同、发票、提单、装箱单、信用证等单证；实施安全质量许可、卫生检疫注册的应提交有关证明文件复印件，并在报检单上注名文件号）；报检（将申请的相关信息录入CIQ2000系统，并将相关单证递交检验检疫局检务部门受理）；施检部门施检（施检部门接受单据、确认、检验、结果登记、拟制证稿、审核签字）；签发证书（检务部门对施检部门拟稿审核，并签发证书）。
入境货物的检验检疫工作程序可以分为：申请报检、受理报检、办理通关、实施检验检疫、放行
1）法定检验检疫入境货物的货主或其代理人首先向卸货口岸或到达站的出入境检验检疫机构申请报检。
2）检验检疫机构受理报检，转施检部门签署意见，计收费。
3）对来自疫区的、可能传播传染病、动植物疫情的入境货物交通工具或运输包装实施必要的检疫、消毒、卫生除害处理后，签发《入境货物通关单》（入境废物、活动物等除外）供报检人办理海关的通关手续；
4）货物通关后，入境货物的货主或其代理人需在检验检疫机构规定的时间和地点到指定的检验检疫机构联系对货物实施检验检疫。
5）经检验检疫合格的入境货物签发《入境货物检验检疫证明》放行，经检验检疫不合格的货物签发检验检疫处理通知书，需要索赔的签发检验检疫证书。
出口报检流程：接单、审单、预录、申报、验货、放行、下帐
1）接单
报检操作人员接到客户或内部转来的单据后，在专门的登记薄上登记，有特殊要求的应注明，并询问出口的大致日期，出口运输方式是否需要出具检疫部门的证书等。
2）审单
首先要核对出口报检单据是否齐全。单据有：发票、装箱单、合同、报检委托书(青岛企业必须提供正本报检委托书)；有特殊要求的其他单据：使用信用证结汇的须提供信用证复印件、货物外包装（纸箱、塑编袋、网袋、桶包装的涉及食品安全卫生标示的），必须提供《出境货物运输包装性能检验结果单》正本；出口换证商品必须提供《出境货物换证凭单》正本；出口安全质量许可、食品卫生监督等管理范围之内的商品，必须提供生产厂家的两证管理编号以及厂检合格单等；出口熏蒸货物必须提供场站入货通知书，并且确认货物存放于场站熏蒸区。
3）预录
（1）出口单据审核完毕后，使用九城单证系统对单据进行预录入。预录入过程中，可以根据系统提示制单，并且可以根据系统对商品编码的要求最终确认所需单据是否齐全。（九城单证系统在线更新，所以很多编码要求及时更新）
（2）在制单过程中出现计量单位与海关的计量单位冲突时，第一计量单位按商检规定的计量单位输入，第二计量单位按海关的规定输入。
（3）在制单预录入的过程中如果出现问题应及时与客户或操作人员联系。
（4）一般在预录入后待系统自动生成预录入报检编号后，打印报检出境货物报检单，交给报检员。
4）申报
（1）报检员在接到全套申报单据发票、装箱单、合同、报检委托书(青岛企业必须提供正本报检委托书)、有特殊要求的其他单据后，在报验申请单上填写随附单据并注明，报检员签名。
（2）到报检前台申报，随时解答商检官员对商品的提问，报检员必须对所申报商品及客户情况有所了解。
（3）申报完成，报检员根据申报货物的不同，将申报单据转往各个科室，并且根据各个科室的不同要求对单据进行登记。
5）验货
（1）申报完毕的单据，报检员要及时联系客户验货，到检疫局科室预约验货时间并告知客户。
（2）验货完毕后将单据转回各科室。
6）放行
（1）出口验货后到科室将验货单据找出，根据科室要求不同填写验货单据交科室主管人员签字，并在电脑中过机放行。
（2）到计费处计费，然后到商检财务缴纳检疫费。
（3）打印《出口货物通关单》，如果需要出具检疫部门证书的，还需在单据中注明，以便日后出具检疫证书。
（4）放行后将通关单交给报检操作人员或报关人员签收。
7）下帐
（1）报检员将出口通关单及商检发票交给操作人员，操作人员将其复印登记留底，并注明公司编号。
（2）将正本通关单交给报关员报关使用。
